O órgão da Presidência era composto pelo presidente Mário Soares, apoiado por Mário Baptista Coelho (assistente pessoal do presidente/secretário do presidente), Ana-Teresa Egea (secretária) e Rita Pargana (secretária), e pelo coordenador Mário Ruivo, com o apoio de Ana-Maria Casquilho Plimer (assistente pessoal do coordenador).
À Presidência competia representar a Comissão, designar os vice-presidentes, o coordenador, o tesoureiro, o editor geral, o secretário-geral e o secretário executivo, de entre os membros da Comissão; presidir às reuniões da Assembleia; presidir ao Comité Executivo, com voto de qualidade; emitir os regulamentos internos de funcionamento da Comissão; e nomear procuradores da Comissão em conjunto com um membro do Comité Executivo.
Cabia ao presidente aprovar as atas das reuniões da Assembleia e do Comité Executivo, e ao coordenador, em articulação com o secretário geral, assistir o presidente no acompanhamento corrente dos trabalhos da Comissão, com vista a assegurar o seu bom funcionamento.
Aos vice-presidentes cabia substituir o presidente nas atividades da CMIO, sempre que este não pudesse estar presente. A vice-presidência era composta por Abdulmohsen M. Al-Sudeary (Arábia Saudita), Kader Asmal (África do Sul), Elisabeth Mann Borgese (Canadá), Eduardo Faleiro (Índia), Patrick Kennedy (EUA), Ruud Lubbers (Países Baixos), Guido de Marco (Malta), Yoshio Suzuki (Japão) e José Israel Vargas (Brasil).
