O Secretariado foi dirigido pelo secretário geral, Layashi Yaker (até 5 de março de 1998), assessorado pelo secretário executivo, Jean Pierre Lévy, sob a supervisão pessoal do presidente.
O Secretariado era responsável pela implementação das orientações e decisões da Comissão, e pela facilitação da comunicação entre os membros da Comissão.
Ao secretário geral competia, sob a orientação do presidente, indicar as necessidades de pessoal para as tarefas da Comissão, e estabelecer contratos para a realização de trabalhos a levar a cabo no âmbito da Comissão.
O secretário geral desempenhava o cargo de porta-voz da Comissão, e representava, por decisão do presidente, a Comissão em reuniões, assegurando os contactos externos de alto nível.
Ao secretário executivo competia, sob a supervisão do secretário geral, assegurar a implementação do programa de trabalho da Comissão e manter a cooperação estreita com os secretariados das várias instituições do Sistema das Nações Unidas com atividade em assuntos oceânicos.
O secretário geral tinha a seu cargo convocar as reuniões da Assembleia e do Comité Executivo, incluindo no convite a documentação de referência e a agenda provisória anotada. As atas das reuniões da Assembleia e do Comité Executivo preparadas pelo Secretariado estavam sujeitas à aprovação do presidente.
O secretário geral tinha, ainda, a incumbência de preparar o projeto de orçamento da Comissão a ser aprovado pelo Comité Executivo e elaborar o projeto de relatório financeiro respeitante ao ano transacto (de 1 de janeiro a 31 de dezembro), a submeter à aprovação do Comité Executivo pelo tesoureiro.
Os trabalhos do Secretariado eram apoiados por uma equipa profissional, composta por Jan van Ettinger, técnico principal (gestão) e Thomas Ganiatsos, técnico principal (conteúdos), e por uma equipa de apoio, integrada por Lydia Beauquis (secretária principal), Sheahan Fernando (assistente administrativo) e Fatima Matallana (secretária).
