As reuniões conjuntas envolviam o Secretariado de Apoio ao Presidente (Lisboa) e o Secretariado da Comissão (Genebra), sendo centradas em questões de natureza logística e administrativa relativas ao funcionamento da Comissão, bem como no planeamento e coordenação dos seus trabalhos (ver também 1.7. Reuniões com o Secretariado da Comissão).
Entre fevereiro de 1996 e janeiro de 1999, realizaram-se 15 reuniões conjuntas, que tiveram lugar maioritariamente em Lisboa, mas também em Genebra:
Lisboa, 9 a 10 de fevereiro de 1996
Lisboa, 1 a 2 de abril de 1996
Lisboa, 5 a 6 de junho de 1996
Lisboa, 6 de setembro de 1996
Genebra, 9 de outubro de 1996
Lisboa, 19 a 20 de fevereiro de 1997
Genebra, 9 a 10 de abril de 1997
Lisboa, 18 de maio de 1997
Lisboa, 24 de junho de 1997
Lisboa, 19 a 20 de outubro de 1997
Lisboa, 4 a 5 de março de 1998
Lisboa, 6 a 7 de abril de 1998
Lisboa, 11 a 13 de junho de 1998
Lisboa, 3 de novembro de 1998
Lisboa, 25 de janeiro de 1999